Dział Analiz Bioinformatyczno-Biostatystycznych

Zespół

W skład zespołu Działu Analiz Bioinformatyczno-Biostatystycznych (DAB) wchodzi siedem osób – specjalistów z dziedziny bioinformatyki, biostatystyki, biotechnologii i chemii. Jest to interdyscyplinarny zespół, który łączy wiedzę teoretyczną z praktycznym doświadczeniem analitycznym.

Zakres działalności

Analiza danych biomedycznych

Dział Analiz Bioinformatyczno-Biostatystycznych (DAB) specjalizuje się w analizie danych biomedycznych, integrując wiedzę z zakresu biologii molekularnej, statystyki i informatyki. Zespół realizuje projekty badawcze oraz wspiera badania kliniczne poprzez opracowanie, integrację i interpretację danych:

• biologicznych (np. sekwencje genów, ekspresja RNA, profile białkowe i metabolomiczne),
• medycznych (np. dane kliniczne, historia choroby, wyniki badań obrazowych),
• oraz analiz wzajemnych zależności pomiędzy tymi typami danych.

Celem prowadzonych analiz jest identyfikacja istotnych wzorców w złożonych zbiorach danych, wspierająca zrozumienie mechanizmów chorób, odkrywanie biomarkerów oraz rozwój spersonalizowanej diagnostyki i terapii. Zespół Działu Analiz Bioinformatyczno-Biostatystycznych stosuje kompleksowe podejście analityczne – od analiz danych pochodzących z eksperymentów wysokoprzepustowych (omics), przez klasyczne dane kliniczne, po zaawansowane metody modelowania statystycznego, wizualizacji i interpretacji wyników.

Dział aktywnie współpracuje z zespołami badawczymi, klinicystami oraz instytucjami naukowymi w Polsce i za granicą, zapewniając bioinformatyczne i biostatystyczne wsparcie na wszystkich etapach realizacji projektu – od planowania eksperymentu po prezentację rezultatów.

Udział w inicjatywach na rzecz rozwoju badań onkologicznych

Pracownicy DAB reprezentują Narodowy Instytut Onkologii w Gliwicach w ramach:

• Projektu JANE-2 – europejskiej inicjatywy wspierającej walkę z rakiem poprzez tworzenie wyspecjalizowanych Sieci Eksperckich w takich obszarach jak nowotwory o złym rokowaniu, personalizowana profilaktyka, technologie omiczne oraz zaawansowane technologie medyczne. Projekt koordynowany jest przez włoski instytut IRCCS w Mediolanie i współfinansowany przez Unię Europejską. Zrzesza ponad 120 partnerów z 29 krajów.
• Polskiej Sieci Badań Klinicznych (PSBK) – sieci krajowych instytucji naukowo-badawczych utworzonej przez Agencję Badań Medycznych w celu standaryzacji i podniesienia jakości badań klinicznych w Polsce. Udział w PSBK umożliwia zespołowi DAB współtworzenie nowoczesnego zaplecza analitycznego wspierającego realizację innowacyjnych, w tym niekomercyjnych, badań klinicznych.

Działalność dydaktyczna

Dział prowadzi również działalność dydaktyczną poprzez:

• opiekę promotorską nad doktorantami,
• organizację praktyk studenckich i staży naukowych,
• wspierając rozwój młodych naukowców w dziedzinie bioinformatyki i biostatystyki.

Oferta współpracy naukowej i komercyjnej

Dział Analiz Bioinformatyczno-Biostatystycznych oferuje wysokiej jakości kompleksowe analizy danych biomedycznych – w badaniach klinicznych, projektach naukowych i komercyjnych. Łączy wiedzę z obszarów biologii molekularnej, bioinformatyki, statystyki oraz nauk medycznych, co pozwala skutecznie realizować analizy danych omicznych, klinicznych i eksperymentalnych.

Oferta Działu Analiz Bioinformatyczno-Biostatystycznych obejmuje:

• projektowanie analiz statystycznych i bioinformatycznych (w tym analizę danych omicznych, klinicznych i obrazowych),
• opracowanie i optymalizację przepływów pracy (pipeline’ów) dostosowanych do specyfiki projektu,
• integrację danych biologicznych i medycznych (np. RNA-seq + dane kliniczne),
• testy statystyczne, analizy wielowymiarowe, eksploracyjne i predykcyjne,
• wizualizację wyników oraz przygotowanie materiałów do publikacji i raportów,
• wsparcie w przygotowywaniu wniosków grantowych,
• doradztwo metodologiczne i merytoryczne na każdym etapie badania.

Atuty współpracy z Działem Analiz Bioinformatyczno-Biostatystycznych:

• interdyscyplinarny zespół łączący wiedzę z nauk przyrodniczych, technicznych i medycznych oraz praktyczne umiejętności w zakresie nowoczesnych metod bioinformatycznych,
• doświadczenie we współpracy z krajowymi i zagranicznymi ośrodkami badawczymi i medycznymi,
• elastyczne podejście do zakresu i formy realizacji usług, dostosowane do specyfiki projektu,
• gwarancja wysokiej jakości analiz, terminowości oraz eksperckiego wsparcia merytorycznego.

Najważniejsze publikacje

1. Gogler A, Wilk AM, Sojka DR, Adamiec-Organiściok M, Matysiak N, Kania D, Wiecha K, Małusecka E, Cortez AJ, Zamojski D, Marczyk M, Mazurek AM, Oziębło S, Scieglinska D. HSPA2 influences the differentiation and production of immunomodulatory mediators in human immortalized epidermal keratinocyte lines. Cell Death Dis. 2025; 16(1):344. doi: 10.1038/s41419-025-07565-5
2. Rutkowski TW, Kurczyk A, Drosik-Rutowicz K, Kiprian D, Dębicka I, Sierko E, Konopka-Filippow M, Kaźmierska J, Łukasiewicz-Grella M, Cząstkiewicz-Trawińska D, Mrochem-Domin I, Ryniewicz-Zander I, Borysiewicz Z, Chmielowska E, Jasiówka M, Źrebiec-Figura M, Karpińska A, Pacholczak-Madej R, Leś D, Pietruszka A, Łasinska I, Składowski K. Nivolumab in patients with recurrent or metastatic squamous cell carcinoma of the head and neck: Results of Polish multicenter observational study. Int J Cancer. 2025; 156(5):1074-1084. doi: 10.1002/ijc.35248
3. Wilk AM, Kozłowska E, Borys D, D’Amico A, Fujarewicz K, Gorczewska I, Debosz-Suwinska I, Suwinski R, Smieja J, Swierniak A. Radiomic signature accurately predicts the risk of metastatic dissemination in late-stage non-small cell lung cancer. Transl Lung Cancer Res. 2023; 12(7):1372-1383. doi: 10.21037/tlcr-23-60.
4. Mrowiec K, Kurczyk A, Jelonek K, Debik J, Giskeødegård GF, Bathen TF, Widłak P. Association of serum metabolome profile with the risk of breast cancer in participants of the HUNT2 study. Front Oncol. 2023; 13:1116806. doi: 10.3389/fonc.2023.1116806.
5. Kubeczko M, Jarząb M, Gabryś D, Krzywon A, Cortez AJ, Xu AJ. Safety and feasibility of CDK4/6 inhibitors treatment combined with radiotherapy in patients with HR-positive/HER2-negative breast cancer. A systematic review and meta-analysis. Radiother Oncol. 2023; 187:109839. doi: 10.1016/j.radonc.2023.109839.
6. Wilk AM, Łakomiec K, Psiuk-Maksymowicz K, Fujarewicz K. Impact of government policies on the COVID-19 pandemic unraveled by mathematical modelling. Sci Rep. 2022; 12(1):16987. doi: 10.1038/s41598-022-21126-2.
7. Kurczyk A, Gawin M, Paul P, Chmielik E, Rutkowski T, Pietrowska M, Widłak P. Prognostic Value of Molecular Intratumor Heterogeneity in Primary Oral Cancer and Its Lymph Node Metastases Assessed by Mass Spectrometry Imaging. Molecules. 2022; 27(17):5458. doi: 10.3390/molecules27175458.
8. Płuciennik A, Płaczek A, Wilk A, Student S, Oczko-Wojciechowska M, Fujarewicz K. Data Integration-Possibilities of Molecular and Clinical Data Fusion on the Example of Thyroid Cancer Diagnostics. Int J Mol Sci. 2022; 6;23(19):11880. doi: 10.3390/ijms231911880.
9. Cortez AJ, Kujawa KA, Wilk AM, Sojka DR, Syrkis JP, Olbryt M, Lisowska KM. Evaluation of the Role of ITGBL1 in Ovarian Cancer. Cancers (Basel). 2020; 12(9):2676. doi: 10.3390/cancers12092676.
10. Kurczyk A, Gawin M, Chekan M, Wilk A, Łakomiec K, Mrukwa G, Frątczak K, Polanska J, Fujarewicz K, Pietrowska M, Widlak P. Classification of Thyroid Tumors Based on Mass Spectrometry Imaging of Tissue Microarrays; a Single-Pixel Approach. Int J Mol Sci. 2020; 21(17):6289. doi: 10.3390/ijms21176289.